“文永之役”以后，為防范元軍再來，幕府進一步采取措施，加強防御體制：調(diào)中國地方(指山陰、山陽兩道)御家人駐守長門，調(diào)東國御家人駐守九州，以有戰(zhàn)功者賞相約，動員全國“公家”和寺社里的非御家人;任命北條一族人為九州和其他重要國的守護;最后在博多灣沿岸筑起堅固石壘。忽必烈在滅南宋(公元1279年)前后，大肆搜刮，進行更大規(guī)模的戰(zhàn)爭準備。他又兩次遣使赴日要求朝貢。北條時宗兩次斬殺元使，以示繼續(xù)抵抗決心。

弘安4年(公元1281年)忽必烈分兵兩路，一路是從朝鮮派出的東路軍，另一路是從中國江南派出的江南軍。東路軍由忻都、洪茶丘統(tǒng)率蒙、漢、鮮兵4萬人，兵船900艘。江南軍由范文虎指揮10萬人，兵船35000艘。兩路軍約定于6月中旬在壹吱會合。東路軍首先進發(fā)，6月初已進入博多灣，占志賀島。日本武士草野次郎、河野通有等曾多次乘小船主動出擊，雙方互有損傷。7月初，元兩路軍匯合，下旬元軍主力集結鷹島。在元軍即將舉行全面進攻的前夕——農(nóng)歷7月30日夜，這里又狂風大作，兵船大部沉沒，元軍僅一小部分得以生還。于是忽必烈的第二次遠征又告失敗。

在幕府領導下日本軍民進行的頑強抵抗及兩次暴風雨對元兵船的襲擊無疑是使日本贏得勝利的主要因素。至于暴風雨，那只是一種自然現(xiàn)象，日本舊史書把這種自然現(xiàn)象說成是“神風”、“八幡宮鎬矢西風”、“天野明神出陣”等等，顯然是無稽之談。